Когалым расположен в Сургутской низине Среднеобской низменности. Для этой территории характерна сильная заболоченность. Здесь очень много рек, ручьев, озер. Реки в основном извилистые, скорость течения - около 6 километров в час. Самые крупные из них – Ингу-Ягун, Ортьягун и Кирилл-Высьягун. Город Когалым расположен в междуречье двух крупных рек Ингу-Ягун и Кирилл-Высьягун и занимает площадь более 20 тыс. гектаров. Климат резко континентальный, с суровой длительной зимой.